Les groupements végétaux aquatiques (herbiers et algues) et terrestres, présents dans et autour de l'étang, sont les lieux de reproduction, d'accueil et d'alimentation de nombreuses espèces animales. Leur évolution et leur composition dépendent des variations de salinité et de submersion des sols (qui empêchent leur mise en culture) de l'action de l'homme (drainage, irrigation, pollutions) et des animaux (pâturages).

La zone humide se situe sur un axe migratoire majeur partant du nord de l'Eurasie vers le sud, en Afrique : plus de 2500 canards y séjournent. Elle accueille régulièrement plus de 10.000 oiseaux d'eau pour lesquels l'étang constitue un réservoir alimentaire exceptionnel. La diversité des milieux environnants est propice à une avifaune remarquable en toute saison et à une nidification de certaines espèces : échasse blanche, mouette mélanocéphale et rieuse, sterne hansel, goéland railleur ...

Le peuplement de la lagune est fortement lié à ses échanges avec la mer par le grau de Carnon et par ses apports en eau douce du bassin versant. L'étang abrite 32 espèces de poissons communs comme l'anguille, le gobie noir, le mulet porc ou encore la carpe...et 33 espèces rares à exceptionnelles comme le marbré, ou l'orphie... (source J.P QUIGNARD 2005) . Les plus nombreux sont des poissons migrateurs, à forte valeur commerciale, qui pondent en mer et viennent grossir dans l'étang : anguilles, loups, soles, daurades, muges... Ils se nourissent essentiellement de poissons sédentaires, qui se reproduisent dans l'étang, tels que l'athérine, le syngnate, le gobie.